SD IT Al Mashduqi menerapkan kurikulum merdeka berbasis kompetensi yang mengedepankan program Tahsin dan hifdzul Qur’an dengan menggunakan metode Tilawati dan habituasi murojaah harian. Program keseharian yang menjadi pembiasaan diantaranya seperti shalat dhuha dan shalat dzuhur berjama’ah, membaca Asmaul Husna disetiap pembukaan belajar dan do’a-do’a harian.

SD IT Al MASHDUQI menggunakan system kurikulum billingualism dalam keseharian dan bahasa pengantar kelas ditunjang dengan buku buku berpengantar bahasa Inggris.